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Águas de São Pedro surgiu quando Octavio Moura Andrade descobriu as propriedades medicinais das fontes de água mineral que o levaram à construção da cidade.

Na década de 1920, quando o governador do estado de São Paulo, Júlio Prestes realizou pesquisas para a prospecção de petróleo no município de São Pedro. As pesquisas não tiveram sucesso em encontrar petróleo e os poços acabaram sendo abandonados e continuaram jorrando águas termais sem que ninguém se aproveitasse. Outras iniciativas de exploração foram realizadas em grandes profundidades, porém nada foi encontrado. A estrutura da torre ainda ficou em memória aos primeiros desbravadores.

Anos mais tarde, em 1934, Ângelo Franzin, donos das terras perfuradas, que é conhecida atualmente como "fonte da juventude", construiu um balneário simples, onde se banhava. A água tinha um odor ruim. Um ano depois um grupo de pessoas da cidade comprou um lote de 100 mil metros quadrados ao redor da fonte da juventude onde construíram um balneário.

 Eram doze banheiras de alvenaria, ao contrário do primeiro balneário, que era feito de madeira. No mesmo ano Octavio Moura Andrade resolveu construir a estância dando-lhe o nome de "Caldas de São Pedro", criando juntamente com seu irmão, Antonio Joaquim de Moura Andrade a empresa "Águas Sulfídricas e Termais de São Pedro S/A".

Durante quatro anos o Instituto de Pesquisas Tecnológicas da USP, realizou análises nas águas. Geralmente águas provenientes de grandes profundidades possuem uma alta concentração de substâncias que podem ser nocivas ao ser humano, assim como seu pH pode não ser adequado para o banho. Em1940 os resultados foram publicados no Boletim 26 do IPT. As águas foram consideradas adequadas para o banho e suas propriedades medicinais estudadas pelo professor João de Aguiar Pupo, então Diretor da Faculdade de Medicina de São Paulo (USP). Em 1948, na divisão administrativa do Estado de São Paulo, fixada para o período de 1948/1953, foi criado o município com território desmembrado de São Pedro.